动画电影《银河宝贝》讲述的是一个在外太空的故事，在银河系中有一颗机器人的行星，叫哈帝星，由于哈帝星科技的高速发展，机器人这种消耗能源的群体将面临巨大危机，但是犀牛博士研究出了一种叫做“蒙多拉晶石”

影片承接前作，银河护卫队成员们已经在不毛之地上安顿了下来。然而，由于火箭浣熊的动荡往事的侵扰，他们的生活很快被打破。“星爵”彼得·奎尔依然迷失在失去卡魔拉的痛苦中，但是他必须团结起他的团队，前往执行一项危险的任务，只为营救火箭浣熊。如果这项任务失败，那么为人熟知的银河护卫队有可能就此走向终结。

未来世界科技高度发达，星际旅行不再是梦想。在木星和土星之间曾有一个繁荣一时的空间殖民地“涡潮”，从地球专门有一条名为246666号公路的银河街道通往殖民地。不过在通车150年后，银河街道渐渐衰落，面临废除的命运。在这条路上，有一条小小的汉堡店，由极度热爱汉堡的店长诺亚（香取慎吾 饰）和妻子诺厄（绫濑遥 饰）共同经营。最近，诺亚怀疑妻子有外遇，为此忧心忡忡。这一天，诺亚的旧爱（优香 饰）带着怪异的丈夫（梶原善 饰）出现，让诺厄心中升起不安。与此同时，形形色色的人等相继来到店里，有的渴望来一次太空艳遇，有的决

ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。